从审计调查情况看，随着改革的深入和经济社会发展形势的变化，在开发区内继续实行这些优惠政策也面临一些需要研究和解决的问题。

　　国家关于开发区的税收政策面临的问题。在国家级开发区中，东部地区的开发区占了绝大多数，而且设立时间早、发展程度高；中西部地区的开发区起步晚、基础差、底子薄。这使得在享受基本相同的税收优惠政策情况下，东部地区得到的政策扶持力度远远大于中西部地区，不利于区域经济协调发展。税收优惠政策还导致开发区内企业与区外企业的税负水平相差很大，不利于体现公平税负的原则。此外，各地在实际执行中普遍存在扩大优惠政策范围的问题，由此导致国家税款流失66.47亿元。

　　审计还发现了地方政府在开发区的土地出让政策中存在诸多问题。一些地方甚至在国务院明令禁止低价出让土地的情况下，采取先按国家规定签订土地出让合同，再返还土地出让金或者给予财政补贴等手段，变相低价出让土地。这一问题导致一些企业恶意圈占、倒卖土地，扰乱了正常的经济秩序。