由于粤港澳大湾区横跨三个关税区、三个行政区划和三种社会法律环境，带来的三地的人流、物流、资金流和信息流的制度障碍，影响了湾区经济一体化融合进程。

据悉，在即将公布的《粤港澳大湾区发展规划纲要》中会提及进一步降低三地融合的障碍，探索人才和要素在大湾区内自由流动，从这个意义上看，目前前海、横琴和南沙的部分试点，未来有望在整个粤港澳大湾区内进一步推广。

目前，部分片区实施了港人港税澳人澳税政策。由于内地的个税税率比港澳高，如果港澳人士在粤一年工作超过183天，则要按照内地标准缴纳个税，按照专业人士估计，同样的收入水平，内地个税税负大致是香港薪俸税的三倍。在国家政策的支持下，前海已在全国首创对境外高端和紧缺人才个税超过15%的部分给予补贴。目前，前海已累计发放个税补贴1.35亿元。同样，横琴目前也已出台此类政策。为吸引港澳高端人才到横琴发展，横琴全面落实“港人港税、澳人澳税”政策。

统计显示，2017年横琴接到符合政策规定的补贴申请89宗，实际发放补贴金额2722万元，同比增长8%，补贴金额占港澳居民缴纳个税总额的40%。除了个税之外，横琴还对港澳资企业所得税给予优惠税率，为合资格企业提供15%的税收优惠。